Вот и дождались!
6.01.2011г. вышел официальный релиз ISPConfig 3.0.3.2 с поддержкой punycode.

После обновления версии 3.0.3.1 на 3.0.3.2, валидатор стал принимать punycode во всех сервисах панели управления хостингом ISPConfig.

http://blog.pavelb.ru/2011/08/ispconfig-punycode.html

тут инструкция как в списке сайтов сделать нормальное отображение рф доменов а не punycode